Η μυρωδιά των κοπράνων συνδέεται κυρίως με τις διεργασίες που σπρώχνουν τα αμινοξέα που έχουν ξεφύγει από την εντερική απορρόφηση. Αυτά τα θρεπτικά συστατικά στην πραγματικότητα παρεμποδίζονται από τα βακτήρια του παχέος εντέρου, υφίστανται μια διαδικασία αποκαρβοξυλίωσης που παράγει τις ακόλουθες τοξικές αμίνες:
αργινίνη → αγκματίνη
κυστίνη και κυστεΐνη → μερκαπτάνη
ιστιδίνη → ισταμίνη
λυσίνη → cadaverine
ορνιθίνη → putrescine
τυροσίνη → τιρατίνη
τρυπτοφάνη → ινδόλη και σκατόλη
Πολλές από αυτές τις ουσίες δίνουν στα κόπρανα μια ιδιαίτερα δυσάρεστη οσμή.
Η διάρροια και τα περιττώματα του χορτοφάγου είναι κακή μυρωδιά.
Τα κόπρανα με τη μυρωδιά των ψαριών ή του σπέρματος είναι χαρακτηριστικά της βακτηριακής δυσεντερίας, της χολέρας και γενικότερα της βλεννορροίας.
Εν κατακλείδι, η οσμή των κοπράνων επηρεάζεται από διατροφικές συνήθειες (ποσότητα πρωτεϊνών, αρωματικές τροφές όπως σκόρδο ή κρεμμύδια κλπ.), Εντερική βακτηριακή χλωρίδα, κατάσταση υγείας και ιδιαίτερες συνήθειες (όπως το κάπνισμα ή ο καπνός μάσησης) . Γενικά, η κατανάλωση μικρών και καλά ισορροπημένων γευμάτων, χωρίς να συσχετίζονται σημαντικές ποσότητες "ασυμβίβαστων" τροφίμων (βλ. Διαχωριζόμενη διατροφή), συμβάλλει στη βελτιστοποίηση των πεπτικών διεργασιών, μειώνοντας την εμφάνιση διαταραχών όπως ο μετεωρισμός και ο μετεωρισμός και δίνοντας στα κόπρανα οσμή sui generis.
Κάθε περίπτωση στην οποία η κακή μυρωδιά των κοπράνων συνοδεύεται από συμπτώματα όπως μαύρα, παχιά ή ανοιχτά κόπρανα, η παρουσία αίματος σε αυτά, πυρετός, ρίγη, έντονες κοιλιακές κράμπες, άφθονη βλέννα στα κόπρανα και απώλεια βάρους.