Στην επίσημη φαρμακοποιία υπάρχουν γενικές μέθοδοι αξιολόγησης, τόσο χημικές όσο και βιολογικές. Ωστόσο, η φαρμακογνωσία χρησιμοποιεί επίσης πολύ πιο εξελιγμένες μεθόδους, όπως φασματοσκοπικές και χρωματογραφικές μέθοδοι.
Η αξιολόγηση της ποιότητας των φαρμάκων από χημικής πλευράς παρέχει μια σαφή, εις βάθος ανάλυση, ιδιότυπη για την αναλυτική ικανότητα των χρησιμοποιούμενων οργάνων. Με άλλα λόγια, ένα φάρμακο αξιολογείται με βάση την ποσότητα και την ποιότητα των δραστικών συστατικών που περιέχονται σε αυτό, τα οποία είναι καθοριστικά αναλυτικά ακριβή χάρη σε εξαιρετικά ακριβή χρωματογραφικά όργανα. Μεταξύ αυτών των χρωματογραφικών τεχνικών βρίσκουμε: αέρια χρωματογραφία, αέρια μάζας, HPLC (υγρή χρωματογραφία στήλης), χρωματογραφία ανταλλαγής ιόντων και χρωματογραφία πλάκας (TLC, HPTLC). Αυτές είναι όλες οι μεθοδολογίες που χρησιμοποιούν την αρχή της χρωματογραφίας στην ποιοτική και ποσοτική αξιολόγηση των χημικών ουσιών που υπάρχουν σε μια φυτοσύνθεση. Επομένως, τα όργανα αυτά μας επιτρέπουν να αξιολογήσουμε το φάρμακο ως φυτοσύνδεσμο, την ποσότητα και την ποιότητα των μεμονωμένων χημικών κλάσεων, την αναλογία τους και την ποσότητα της χαρακτηριστικής δραστικής ουσίας.
Για να αξιολογηθεί το φυτοσύμπλεκτο είναι σημαντικό να υιοθετηθούν οι καταλληλότερες στρατηγικές για την εξαγωγή του, διότι δεν υπάρχει αναλυτική μέθοδος η οποία δεν έχει προηγηθεί εκχύλισης. Οι εκχυλίσεις είναι απαραίτητες για την τεχνικο-φαρμακολογική εκτίμηση για την αξιολόγηση του φαρμάκου ή ενδεχομένως για την απόκτηση στοιχείων χρήσης αυτού του φαρμάκου, τα οποία μπορούν να τοποθετηθούν απευθείας στον τριτογενή τομέα. Οι μέθοδοι εξαγωγής καθιστούν δυνατή την απόκτηση αυτών των κατηγοριών δραστικών ουσιών που θεωρούνται σημαντικές στην ποιοτική ταξινόμηση του φαρμάκου ή την εκλεκτική απόσπαση μιας ή περισσοτέρων κατηγοριών που θεωρούνται έκφραση της δραστηριότητάς του.
Τα δραστικά συστατικά, γενικά, είναι μόρια γλυκοσίδων, αλκαλοειδών, τερπενίων, ανθρακινών. όλους τους δευτερεύοντες μεταβολίτες που εκφράζουν τη σχετική βιολογία του οργανισμού. υπάρχουν όμως και μόρια που προέρχονται από τον πρωταρχικό μεταβολισμό που παρουσιάζουν ενδιαφέρον για την υγεία, όπως οι υδατάνθρακες (άμυλο και τα παράγωγά του, η κυτταρίνη και τα παράγωγά της), οι πρωτεΐνες και ιδιαίτερα τα πρωτεολυτικά ένζυμα (παπαΐνη ή βρωμελαϊνη).
Πριν από τη διεξαγωγή της εξαγωγής δραστικών ουσιών από ένα φάρμακο, είναι απαραίτητο να εξεταστεί ο χημικο-φυσικός χαρακτήρας του τελευταίου. με άλλα λόγια, πριν από την εξαγωγή ενός δραστικού συστατικού είναι απαραίτητο να γνωρίζουμε καλά τη χημική της φύση από την άποψη της πολικότητας, επειδή η διαδικασία εκχύλισης ουσιαστικά μειώνεται στη σύνδεση ενός κατάλληλου διαλύτη με το φάρμακο. Αυτός ο διαλύτης, ο οποίος είναι χημικώς παρόμοιος με την αρχή που πρόκειται να εξαχθεί, το αφαιρεί επιλεκτικά από το υπόλοιπο φυτοσύμπλοκο. όσο περισσότερο εντείνεται αυτή η χημική συνάφεια, τόσο καλύτερη θα είναι η εξαγωγή ("τα παρόμοια διαλύει τα παρόμοια"). Επομένως, είναι απαραίτητο να γνωρίζουμε, από φυτοχημική άποψη, την αρχή που πρέπει να εξαχθεί, προκειμένου να συσχετιστεί ο διαλύτης ή το μείγμα διαλυτών περισσότερο παρόμοιο με αυτό.
