Η διάγνωση της αφρικανικής τρυπανοσωμίας πρέπει να εξετάζεται σε όλα τα άτομα που έχουν μείνει σε περιοχές της Αφρικής που θεωρούνται ότι διατρέχουν κίνδυνο για τη νόσο.
Το πρώτο στάδιο της νόσου του ύπνου είναι δύσκολο να διαγνωστεί, καθώς προκαλεί μη ειδικά συμπτώματα, όπως πυρετό και αδυναμία. Οι μέθοδοι που χρησιμοποιούνται για την άμεση ταυτοποίηση των τρυπανοσωμάτων περιλαμβάνουν την ανάλυση με μικροσκοπία φωτός των δειγμάτων αίματος (επίχρισμα ή παχύρρευστη πτώση) ή της αναρρόφησης των λεμφαδένων. Άλλα μη ειδικά εργαστηριακά ευρήματα παρουσιάζουν πανκυτταροπενία, αυξημένη VES και PCR και αυξημένα επίπεδα IgM.
Όταν το παράσιτο εισβάλλει στο κεντρικό νευρικό σύστημα και οι ασθενείς αρχίζουν να εκδηλώνουν νευρολογικά και ψυχιατρικά συμπτώματα (κακός συντονισμός κινητικότητας, αποπροσανατολισμός, σπασμοί και διαταραχές ύπνου), η διαγνωστική εκτίμηση απαιτεί την ανάλυση δείγματος εγκεφαλονωτιαίου υγρού . Η εξέταση του υγρού επιτρέπει την απομόνωση των τρυπανοσωμάτων και την ανάδειξη υψηλών επιπέδων λεμφοκυττάρων, ολικών πρωτεϊνών, αξιοσημείωτης αύξησης του IgM και των χαρακτηριστικών κυττάρων Mott (κύτταρα πλάσματος με κυτταροπλασματικά κενοτόπια που περιέχουν ανοσοσφαιρίνες).
