Οι σπόροι καφέ, κατά τη διάρκεια της βιομηχανικής επεξεργασίας, μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν για την παραγωγή καφέ χωρίς καφεΐνη. Αυτή η διαδικασία, αποκαλούμενη χωρίς καφεΐνη, λαμβάνει χώρα όταν οι σπόροι είναι ακόμα πράσινοι και όχι μετά το ψήσιμο. Πολλές μέθοδοι μπορούν να εφαρμοστούν για την απομάκρυνση της καφεΐνης από τον καφέ, αλλά όλες περιλαμβάνουν την εμβάπτιση των πράσινων σπόρων σε ζεστό νερό (διαδικασία γνωστή ως ελβετική διαδικασία νερού) ή ατμός. σε αυτό το σημείο, προστίθενται διαλύτες που διαλύουν και διαχωρίζουν τα έλαια που περιέχουν την καφεΐνη από τους σπόρους. Η αποκαφεϊνοποίηση εφαρμόζεται συχνά από τους μεταποιητές καφέ οι οποίοι, ως πηγή πρόσθετου εισοδήματος, πωλούν καφεΐνη σε φαρμακευτικές εταιρείες.
