Με τη χρήση, οι φακοί επαφής έρχονται σε επαφή με διάφορες ουσίες που συνθέτουν τη μεμβράνη δακρύων, συμπεριλαμβανομένων των πρωτεϊνών (λυσοζύμη, λευκωματίνες, βλενοπολυουλφίδια, ινονεκτίνη κ.λπ.). Με την πάροδο του χρόνου, αυτές προσκολλώνται στην επιφάνεια του φακού και μπορούν να μετουσιώσουν, μειώνοντας τον βαθμό υγρασίας και υδρόφιλο. Αυτό κάνει τις συσκευές αυτές λιγότερο άνετες από ό, τι θα έπρεπε, καθώς προκαλούν ατοπικές αντιδράσεις, όπως η θηλώδης επιπεφυκίτιδα και η ερυθρότητα των ματιών . Επιπλέον, οι πρωτεΐνες που προσκολλώνται στους φακούς δημιουργούν μικρές κηλίδες που κάνουν την όραση θολή .
Για να απομακρυνθούν οι αποθέσεις πρωτεϊνών από τους φακούς, είναι απαραίτητο να καθαρίζονται με απορρυπαντικά και πρωτεολυτικά προϊόντα ενζύμων, τα οποία πρέπει να εκτελούνται τακτικά. Αυτά τα διαλύματα είναι ικανά να διασπάσουν τους δεσμούς μεταξύ μορίων πρωτεΐνης (που δεν έχουν ακόμη μετουσιωθεί) τα οποία μπορούν έτσι να ξεπλυθούν από τον φακό.
Μια εναλλακτική λύση είναι να χρησιμοποιηθούν φακοί επαφής μιας χρήσεως : αυτοί, στην πραγματικότητα, αλλάζουν και ρίχνονται μακριά όταν χρησιμοποιούνται, προτού σχηματιστεί μια σταθερή συσσώρευση πρωτεϊνικού υλικού.
