Εκτός από τα ατομικά μέτρα προστασίας και τον περιβαλλοντικό έλεγχο του φορέα, η ιαπωνική εγκεφαλίτιδα μπορεί να προληφθεί με εμβολιασμό.
Το εμβόλιο Ixiaro, το οποίο έχει ήδη εγκριθεί από την FDA (Food and Drug Administration) στις ΗΠΑ και εγκριθεί από τον Ευρωπαϊκό Οργανισμό Φαρμάκων (ΕΜΕΑ), χορηγείται ενδομυϊκά στην περιοχή του δελτοειδούς (άνω βραχίονα) σε 2 δόσεις, που εμβολιάζεται 4 εβδομάδες μετά την πρώτη. Για καλή ενεργή ανοσοποίηση, η πορεία εμβολιασμού πρέπει να ολοκληρωθεί τουλάχιστον μία εβδομάδα πριν από την πιθανή επαφή με τον ιό της ιαπωνικής εγκεφαλίτιδας.
Το εμβόλιο της ιαπωνικής εγκεφαλίτιδας συνιστάται για τους ταξιδιώτες που παραμένουν σε εξωτερικούς χώρους για μεγάλο χρονικό διάστημα σε ενδημικές περιοχές, κατά τη διάρκεια της εποχής κατά την οποία η μετάδοση της μόλυνσης είναι πολύ πιθανή. Ωστόσο, δεν ενδείκνυται για άτομα ηλικίας κάτω των 18 ετών, κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης και κατά τη διάρκεια του θηλασμού.
