Η πρόληψη της ελονοσίας περιλαμβάνει την υιοθέτηση διαφορετικών συμπεριφορών, συμπεριλαμβανομένης της διαμονής σε προστατευόμενες περιοχές όπου είναι δυνατόν, ελαχιστοποιώντας την επιφάνεια του δέρματος που εκτίθεται στα κουνούπια και χρησιμοποιώντας εντομοαπωθητικά και κουνουπιέρες κατά τη διάρκεια της νύχτας.
Επιπλέον, για την ελονοσία, ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας συνιστά να πραγματοποιηθεί προφύλαξη με ατοβακουόνη-προγουανίλη, δοξυκυκλίνη και μεφλοκίνη . Αυτά τα φάρμακα πρέπει να συνταγογραφούνται από τον θεράποντα γιατρό με βάση τη γεωγραφική περιοχή στην οποία πηγαίνουν, τα είδη των παρασίτων που υπάρχουν και τον κίνδυνο να προσβληθεί η ασθένεια.
Λόγω της εμφάνισης ανθεκτικότητας σε πλασματίδια στα ανθελονοσιακά φάρμακα, η χλωροκίνη είναι χρήσιμη μόνο για τους ταξιδιώτες που κατευθύνονται προς την Καραϊβική και την Κεντρική Αμερική βόρεια του καναλιού του Παναμά.
