Η ακριβής προέλευση του ιού Marburg εξακολουθεί να είναι άγνωστη. Προς το παρόν, πιστεύεται ότι η ασθένεια για την οποία είναι υπεύθυνη μπορεί να είναι ζωονόσος, που συντηρείται από ένα ή περισσότερα μητρική ζώα της αφρικανικής ηπείρου. Ωστόσο, η έρευνα που διεξήχθη μέχρι σήμερα δεν κατέστησε δυνατή την αναγνώριση της φυσικής δεξαμενής της νόσου, αν και έχουν αναλυθεί πολλά σπονδυλωτά και αρθρόποδα.
Σύμφωνα με την Παγκόσμια Οργάνωση Υγείας, οι άνθρωποι δεν αποτελούν μέρος του φυσικού κύκλου του ιού, οπότε η μετάδοση θα προέρχεται κυρίως από την απλή επαφή με άλλο μολυσμένο πρωτεύον. Στην πραγματικότητα, η μετάδοση μέσω ορισμένων ειδών πιθήκων έχει τεκμηριωθεί, πιθανώς ενεργώντας ως "ενισχυτικοί ξενιστές" για τον ιό Marburg. Επιπλέον, ορισμένα στοιχεία υποδηλώνουν ότι τα πρωτεύοντα μπορούν με τη σειρά τους να μολυνθούν από έκθεση σε νυχτερίδες .
