Η πιθανότητα μετάδοσης της τοξοπλάσμωσης στο έμβρυο ποικίλλει ανάλογα με την περίοδο κύησης κατά την οποία η μητέρα έχει προσβληθεί από τη λοίμωξη: ο κίνδυνος είναι χαμηλός στην αρχή της εγκυμοσύνης και αυξάνεται με την πρόοδο του χρόνου. Αντίθετα, η βαρύτητα της βλάβης που αναφέρθηκε από το παιδί είναι μεγαλύτερη, μόλις λάβει χώρα η μετάδοση της μητέρας-εμβρύου. Σε περιπτώσεις μόλυνσης που συστέλλονται εντός του έκτου μήνα της κύησης, μια αυθόρμητη έκτρωση, μια πρόωρη γέννηση ή το έμβρυο γέννησης μπορεί να παρουσιάσουν χοριορετινίτιδα, υδροκεφαλία (ή μικροκεφαλία) και ενδοκρανιακή ασβεστοποίηση. Αυτά τα νευρολογικά συμπτώματα μπορεί να σχετίζονται με δερματικές εκβλάσεις, ατροφία του οπτικού νεύρου, νυσταγμό, ίκτερο, μυοκαρδίτιδα και πνευμονία.
Στην περίπτωση της πιθανής και επιβεβαιωμένης τοξοπλάσμωσης της μητέρας από τη δοκιμή Toxo, για να μάθουμε αν το Toxoplasma gondii έχει πραγματικά διασχίσει το φράγμα του πλακούντα και μολύνει το παιδί, ενδείκνυται αμνιοκέντηση (όχι πριν από την 15η εβδομάδα της εγκυμοσύνης). Το δείγμα αμνιακού υγρού που ελήφθη κατά τη διάρκεια της έρευνας και υποβλήθηκε σε PCR (αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης) επιτρέπει την επιβεβαίωση της πιθανής παρουσίας του ϋΝΑ του παρασίτου, διαγνώνοντας έτσι τη μόλυνση του εμβρύου. Από την άλλη πλευρά, η ηχογραφική παρακολούθηση μπορεί να παρουσιάσει σαφή σημάδια εμβρυϊκής βλάβης (ενδοκρανιακή ασβεστοποίηση, υδροκεφαλία, ηπατομεγαλία, καθυστέρηση ενδομήτριας ανάπτυξης). Μετά τη γέννηση, η υποψία της συγγενούς τοξοπλάσμωσης επιβεβαιώνεται κυρίως από ορολογικές έρευνες και από την ύπαρξη σημείων ασθένειας, τα οποία μπορεί να εμφανιστούν ακόμη και χρόνια αργότερα, ειδικά απουσία θεραπείας.
