Το pH των κοπράνων είναι συνήθως ουδέτερο ή ελαφρώς αλκαλικό (6, 8 - 7, 5). Τα πιο όξινα κόπρανα, φυσιολογικά μόνο στο νεογέννητο, μπορεί να υποδεικνύουν εντερικές λοιμώξεις (Escherichia coli, Rotavirus) ή πεπτικές διαταραχές, όπως λακτόζη ή δυσανεξία λίπους (στεατόρροια από παγκρεατική ανεπάρκεια ή χολική στάση).
Εάν το pH των περιττωμάτων τείνει να αυξηθεί παρουσία σπυριτικής δυσβολίας, τείνει να πέσει κάτω από ζυμωτική δυσβολία, των οποίων τα αίτια προέλευσης βρίσκονται στην υπερβολική πρόσληψη υδατανθράκων ή στην κακή απορρόφηση αυτών (κοιλιοκάκη) . Ακόμη και με την άφθονη πρόσληψη λιπιδίων, τη χορτοφαγική δίαιτα και την παρατεταμένη νηστεία, το pH των κοπράνων γίνεται οξύ.
Για να αποφευχθεί η στρέβλωση των αποτελεσμάτων της εξέτασης, τα κόπρανα δεν πρέπει να μολυνθούν με ούρα και πρέπει να ψύχονται ταχέως για να αποτρέψουν την αλκαλική pH του κοπράνου από την ουρική αμμωνία και τα σήψη βακτήρια.