Η προστατευτική δράση του τσίλι και του χαρακτηριστικού δραστικού συστατικού της - καψαϊκίνης - κατά της γαστρίτιδας και του πεπτικού έλκους έχει αποδειχθεί από αρκετές μελέτες, μέχρι σήμερα ότι μελετάται η σχέση καψαϊκίνης με ασπιρίνη και άλλα ΜΣΑΦ για τη μείωση των επιβλαβών επιδράσεων αυτών των φαρμάκων στον γαστρικό βλεννογόνο.
Ορισμένες έρευνες δείχνουν ότι η καψαϊκίνη έχει επίσης κάποια αντιμικροβιακή δράση έναντι του βακτηρίου Helicobacter pylori, που είναι η κύρια αιτία του πεπτικού έλκους και της χρόνιας γαστρίτιδας στους ανθρώπους. Η δραστηριότητα αυτή επιδείχθηκε επίσης σε στελέχη Helicobacter pylori ανθεκτικά στη μετρονιδαζόλη και είναι σύμφωνη με τα αποτελέσματα μερικών επιδημιολογικών μελετών. οι στατιστικές δείχνουν, στην πραγματικότητα, ότι σε ορισμένους πληθυσμούς στους οποίους χρησιμοποιείται ευρέως η πιπεριά, η συχνότητα εμφάνισης γαστρικών ελκών είναι χαμηλότερη.
Με βάση τις συγκεντρώσεις που δοκιμάστηκαν σε μελέτες in vitro, για να ληφθούν αντιβιοτικά αποτελέσματα κατά του Helicobacter pylori, η πρόσληψη θερμής πιπεριάς πρέπει να είναι συνεπής (από 3 έως 9 ακατέργαστες πιπεριές την ημέρα ανάλογα με την περιεκτικότητά τους σε καψαϊκίνη). θα πρέπει ωστόσο να διευκρινιστεί ότι εκτός από την καψαϊκίνη, άλλες ουσίες που υπάρχουν στην πιπεριά τσίλι (φυτοσύνθεση) θα μπορούσαν να ασκήσουν συνεργιστική δράση, μειώνοντας την ελάχιστη αποτελεσματική δόση. Επιπλέον, η συνέργια με την έμφυτη άμυνα του στομάχου θα μπορούσε να μειώσει περαιτέρω τη δόση τσίλι επαρκή για την εξάλειψη του Helicobacter pylori από το γαστρικό περιβάλλον.
Μια πρόσφατη επισκόπηση της σχέσης μεταξύ της κατανάλωσης τσίλι και του καρκίνου του στομάχου (σχετικά με τις οποίες υπάρχουν συγκρουόμενες μελέτες), συνιστά μετριοπάθεια στην πρόσληψη καψαϊκίνης, για να απολαύσει πλήρως τα δυνητικά οφέλη χωρίς κίνδυνο. Μια πρόσκληση, ωστόσο, ισχύει ιδιαίτερα για τους πληθυσμούς αυτούς (όπως ο Μεξικάνικος), όπου η συνηθισμένη κατανάλωση πιπεριών τσίλι και οι συγκεντρώσεις καψαϊκίνης στις ποικιλίες που καταναλώνονται, είναι σαφώς υψηλότερες από τις ιταλικές συνήθειες.
