Οι μακροφάγοι είναι ιδιαίτερα διαφοροποιημένα ανοσοκύτταρα σε διάφορους ιστούς του σώματος, όπου παίζουν το ρόλο των "σαρωτών του ανθρώπινου σώματος". Συγκεντρώνονται τα μακροφάγα όπου υπάρχει ανάγκη εξάλειψης ενός αποβλήτου, όπως ένα χτύπημα, ένα προϊόν διάσπασης ιστών ή ένα κατεστραμμένο κύτταρο.
Κατά τη διάρκεια της ύπαρξής του, ένας μακροφάγος μπορεί να εξαλείψει περισσότερα από 100 βακτήρια, αλλά εάν είναι απαραίτητο, μπορεί επίσης να αφαιρέσει μεγαλύτερα σωματίδια από τους ιστούς, όπως τα ηλικιωμένα ερυθρά αιμοσφαίρια ή τα νεκρωτικά ουδετερόφιλα (τα ουδετερόφιλα είναι ένας άλλος τύπος λευκών αιμοσφαιρίων με δραστηριότητα φάγου)., επομένως παρόμοια με αυτή των μακροφάγων, αλλά είναι μικρότερα και πολύ πιο πολυάριθμα και δρουν πάνω από όλα σε επίπεδο αίματος). Γενικά, τα μακροφάγα απορροφούν και χωνεύουν τα αντιγόνα ή οτιδήποτε είναι ξένο στον οργανισμό ή αναγνωρίζεται ως τέτοιο, άρα αξίζει επίθεσης και εξουδετέρωσης. Μόλις τα αντιγόνα έχουν υποστεί πέψη, τα μακροφάγα επεξεργάζονται ορισμένα συστατικά που τα εκθέτουν στην εξωτερική τους μεμβράνη που συνδέεται με επιφανειακούς υποδοχείς (MHC πρωτεΐνες, που ονομάζονται "κύριο σύμπλεγμα ιστοσυμβατότητας"). Αυτά τα σύμπλοκα, τα οποία είναι πολύ σημαντικά για την ανοσολογική λειτουργία, λειτουργούν ως ειδικές "κεραίες" ή "σημαίες αναγνώρισης" που σηματοδοτούν τον κίνδυνο για άλλα κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος, απαιτώντας ενισχύσεις. Όταν καλύπτουν αυτή τη λειτουργία, οι μακροφάγοι ονομάζονται κύτταρα που παρουσιάζουν αντιγόνα ( Cell Antigen-Presenting Cell ).
Εκτός από την παρουσίαση αντιγόνου σε λεμφοκύτταρα, τα μακροφάγα παράγουν και εκκρίνουν ένα ευρύ φάσμα προϊόντων έκκρισης (όπως μερικές ιντερλευκίνες ή παράγοντα νέκρωσης όγκου TNF-alpha), οι οποίες επιτρέπουν την επικοινωνία μεταξύ των διαφόρων τύπων λεμφοκυττάρων. είναι επομένως σε θέση να επηρεάσουν τη μετανάστευση και την ενεργοποίηση άλλων κυττάρων του ανοσοποιητικού συστήματος.
Αφού το παθογόνο έχει μετατραπεί σε τρόφιμα μακροφάγων, αυτά τα κύτταρα το δεσμεύουν, το περιβάλλουν και το ενσωματώνουν, περιορίζοντάς το σε κυστίδια που ονομάζονται φαγοσώματα. Μέσα στο μακροφάγο, τα φαγοσώματα συγχωνεύονται με λυσοσώματα, κυστίδια πλούσια σε πεπτικά ένζυμα και οξειδωτικούς παράγοντες, όπως υδρολάσες οξέων και υπεροξείδιο του υδρογόνου, που σκοτώνουν και κατεδαφίζουν ό, τι ενσωματώνεται. Έτσι σχηματίζονται φαγολυσσοσώματα, αλλιώς γνωστά ως "θάλαμοι θανάτου".
Εκτός από τα μεγάλα λυσοσώματα, τα μακροφάγα είναι αξιοσημείωτα μεγαλύτερα από τα άλλα λευκοκύτταρα, τη συσκευή Golgi και τον ιδιαίτερα αναπτυγμένο πυρήνα και τον πλούτο των νημάτων acto-myosin, που δίνουν στον μακροφάγο μια ορισμένη κινητικότητα σε περιοχές μόλυνσης).